| 國家重點實驗室 | 南京医科大学生殖医学國家重點實驗室 |
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| | 教育部重點實驗室 | 现代毒理学教育部重點實驗室 |
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| | 衛生部重點實驗室 | 衛生部抗體技術重點實驗室 |
| 衛生部活體肝髒移植重點實驗室 |
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| | 其他部委實驗室 | 國家人口與計劃生育委員會生殖醫學重點實驗室 |
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| | 江蘇省重點實驗室 | 江蘇省心血管病分子幹預重點實驗室 |
| 江蘇省惡性腫瘤生物標志物與防治重點實驗室 |
| 江蘇省神經退行性疾病重點實驗室 |
| 江蘇省現代病原生物學重點實驗室 |
| 江蘇省生殖醫學重點實驗室 |
| 江蘇省應用毒理學重點實驗室 |
| 江蘇省人類功能基因組學重點實驗室 |
| 江蘇省異種移植重點實驗室 |
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| 江蘇省區域衛生信息化工程中心 |
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| | 其他科研機構 | 南京医科大学醫藥實驗動物中心
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| 江蘇省醫藥、農藥、獸藥安全性評價與研究中心 |
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